Skip to content

Podpisy autoprzeciwciał w raku prostaty czesc 4

4 tygodnie ago

473 words

Aby wzbogacić bibliotekę o peptydy, które wiążą się swoiście z autoprzeciwciałami u pacjentów z rakiem prostaty, przeprowadziliśmy kolejne rundy selekcji (ryc. 1). Procedura obejmowała usunięcie nieistotnych fagów z biblioteki przy użyciu perełek białka A / G, które były pokryte pulą przeciwciał IgG izolowanych z 10 losowo wybranych kontrolnych próbek surowicy (Figura i Tabela 2 Dodatkowego Dodatku). Kulki inkubowano z cząstkami faga i zebrano supernatant zawierający niezwiązane cząstki faga. Te resztkowe fagi, obecnie uwolnione od cząstek faga, które wiążą się z nieistotnymi przeciwciałami w normalnej surowicy, zostały wzbogacone o cząsteczki faga, które wyrażają peptydy swoiste dla raka gruczołu krokowego przez inkubację z kulkami białka A / G pokrytymi pulą przeciwciał IgG od 19 pacjentów z rak prostaty, który został wybrany losowo z kolekcji surowicy University of Michigan (rysunek i tabela 2 dodatku dodatkowego). W końcu, fagi adherentne eluowano z kulek i namnażano w komórkach bakteryjnych. Przeprowadziliśmy pięć takich etapów oczyszczania (biopanning). Klony fagowe, z których każdy nosił pojedynczy peptyd fuzyjny pochodzący z biblioteki cDNA gruczołu krokowego, wybrano losowo z oczyszczonej biblioteki, aby wytworzyć mikromacierze białkowe na powlekanych szklanych szkiełkach za pomocą robota zwiadowczego. Po dodaniu do mikromacierzy, wzbogacone klony fagowe zastosowano do testowania surowicy pod kątem autoprzeciwciał przeciwko peptydom raka prostaty.
Początkowo wybraliśmy 2304 pojedynczych klonów fagowych, w tym 5 pustych klonów jako kontrole negatywne, ze wzbogaconej biblioteki fagowej i skonstruowano mikromacierzy białkowej o dużej gęstości (Figura 3 Dodatku Aneks). Aby zmniejszyć złożoność kolejnych badań walidacyjnych i opracować ukierunkowaną tablicę, losowo wyselekcjonowaliśmy 20 próbek surowicy od pacjentów z rakiem i 11 próbek od kontroli z odpowiednich kolekcji Uniwersytetu Michigan (Tabela 3 Dodatkowego dodatku) i zbadano gęstość mikromacierz faga. Spośród 20 próbek od pacjentów z rakiem prostaty 19 zawierało przeciwciała, które reagowały z klonowymi peptydami fagowymi na mikromacierzach, podczas gdy tylko na 11 kontroli miało takie przeciwciała (Figura 3 Dodatku Aneks). Po normalizacji wszystkich wartości uzyskanych przez skaner, wyselekcjonowaliśmy klony fagowo-peptydowe, które dały stosunek Cy5 do Cy3 większy niż 1,2 w co najmniej jednej z próbek surowicy. W tej analizie zidentyfikowano 186 klonów fagopeptydowych reagujących z próbkami surowicy od pacjentów z rakiem prostaty. Klony te, wraz z klonami fagowymi o ujemnej kontroli, użyto do skonstruowania mniejszej, skupionej mikromacierzy białkowej do późniejszego badania próbek surowicy (fazy treningu i walidacji).
Identyfikacja detektora faga-peptydu (faza treningu)
Rysunek 2. Rysunek 2. Przegląd strategii wykorzystywanej do opracowywania i sprawdzania poprawności podpisów autoprzeciwnych w celu identyfikacji raka prostaty (fazy szkolenia i walidacji). Ryc. 3. Ryc. 3. Sygnatury autoprzeciwciał w raku prostaty. Reprezentatywne obrazy mikromacierzy fagowo-białkowych wykazują różnicę w immunoreaktywności między próbkami od pacjentów z rakiem prostaty a próbkami kontrolnymi
[hasła pokrewne: nfz bydgoszcz ekuz, apteka internetowa chrzanów, przychodnia eskulap ]
[podobne: infolinia hiv, przychodnia paprocany kontakt, rehabilitacja domowa kraków ]